福建省交通厅是主管全省公路和水路交通行业的省政府组成部门。主要职责是：

　　（一）贯彻国家有关公路、水路交通行业的发展战略、方针、政策和法规，并监督执行。

　　（二）根据福建省国民经济和社会发展需要，拟订全省公路和水路交通行业发展战略及规章制度，提出全省公路和水路交通行业方针、政策和法规，经批准后，负责实施、协调和监督工作。

　　（三）根据全省的总体布局，组织编制全省公路和水路交通行业发展规划、中长期和年度计划，并监督实施。组织、指导开展省重点和大中型交通基础设施建设项目及中央投资、省投资、省地合资、利用外资建设项目的前期工作和后期评价工作；并对项目审批提出行业初审意见。负责全省交通行业统计管理和信息引导。

　　（四）管理全省公路、水路交通基础设施建设市场。负责全省公路、水路交通建设工程招投标管理和工程质量管理。负责公路、水路交通战备工程的组织实施，组织重点交通工程建设的实施，负责或会同有关部门组织公路、水路建设工程设计审查、竣工验收。行使全省公路、运输场站、港口、航道及其设施的建设、养护、管理等行业管理职能。

　　（五）负责全省公路路政管理工作，行使公路路政的行政管理职能，依法制定公路路政管理规章制度。检查、指导、协调全省公路两侧建筑控制区、超过公路或者公路桥梁限载标准的车辆行驶公路和公路路产的管理工作。

　　（六）管理全省公路、水路交通运输市场。行使全省公路、水路客货运输（含城市出租汽车客运管理）、搬运装卸、汽车船舶维修（含汽车综合性能检测站）、运输服务业（含公路营运车辆停发车场）的行业管理职能，维护公路、水路交通行业的平等竞争秩序。负责公路、水路交通运输组织管理，对重点物资运输、紧急客货运输进行调控。负责公路、水路运输业引进外资在省内设立办事机构及涉外运输的审批管理。引导交通运输行业优化结构、协调发展。

　　（七）行使汽车驾驶学校和驾驶员培训工作的行业管理职能，贯彻国家有关技术标准、教学大纲，负责制定管理规章和总体布局规划并实施监督检查。

　　（八）受省国有资产行政管理部门委托，负责厅属单位国有资产的管理和保值增值的监督。组织各项交通规费的征收、管理、使用和监督。

　　（九）负责交通行业安全生产监督管理。负责内河水上安全监督、内河船舶（不含渔业捕捞船舶）及水上设施检验和防止船舶污染、航行保障、救助打捞、通信导航工作。实施船舶代理、外轮理货、航道疏浚、港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理。行使交通通信行业管理职能。

　　（十）负责厅机关、厅直属单位的人事、工资、机构编制管理工作；按规定管理厅直属单位领导干部，指导交通行业劳动工资、劳动保护工作；组织指导交通行业人才预测、交流工作；配合从事全省交通行业各工种工人职业技能培训、鉴定工作。指导交通行业体制改革、企业改革及其管理工作。

　　（十一）拟定交通行业科技政策，制定科技发展项目中长期规划和年度计划；组织重大科技开发和科技成果推广，指导交通企业的技术改造和车船更新，推动行业技术进步。负责交通行业的技术和质量监督。制定交通行业教育规划和人才培训计划，指导交通行业职业技术教育以及成人教育。

　　（十二）指导交通行业的精神文明建设和职工队伍建设。

　　（十三）受省政府委托负责多边和双边政府间有关交通方面的涉外工作。指导利用外资工作，管理公路、水路与国际组织有关事宜，开展国际交通经济技术合作与交流。负责对台有关交通具体工作。

　　（十四）承办省政府交办的其他事项。

　　根据上述职责，省交通厅机关设10个职能处（室）：办公室、政策法规处、计划处、建设处、财务处（车辆购置附加费征收管理办公室）、科技教育处、运输管理安全监督处、公路路政管理处、审计处、人事处，以及机关党委、纪检组（监察室）和公路运输、海员工会、治理公路"三乱"办公室，行政编制73名。

　　全省9个设区市设1个交通委（厦门）、8个交通局，各县（市、区）设交通局。厅直属企事业单位有15个：省高速公路有限责任公司、福建交通职业技术学院、省公路管理局（省公路稽征局、省公路路政管理局）、省港航管理局（省航道管理局、省地方海事局、省船舶检验处）、省运输管理局、省交通科学技术研究所（省交通经济科技信息中心、福建汽车检测设备计量检定站）、省交通规划设计院、省交通基本建设工程质量监督检测站（省交通建设工程监理站）、省交通工程造价管理站、省交通建设工程监理咨询公司、省交通规划办公室、省交通信息通信中心、《中国交通报》驻福建记者站、省交通厅人才交流服务中心、省交通职工培训中心。其中，省高速公路建设总指挥部与省高速公路有限责任公司合署办公。全省交通系统共有职工12.7万人，其中厅属单位职工3.02万人，厅直属党员4519人，设22个党委、16个党总支、193个党支部。