办公室
组织协调厅机关工作；起草重要报告和综合性文件；负责值班、文秘、督办、政务信息、机要、保密、信访、档案和机关后勤行政管理工作；负责有关重要会议和活动的组织。
政策法规处
指导交通行业体制改革、结构调整、法制工作；负责组织拟订交通行业地方性法规、规章的有关工作和重大政策的起草、立法规划计划和综合协调工作；负责交通行政复议和执法监督工作；承办厅机关的行政诉讼案件。
综合规划处
拟订交通行业产业政策、投融资政策；拟订公路、水路交通行业的发展规划和有关计划；负责中央与地方联合投资、省投资以及利用外资基础设施建设项目和收费项目的前期工作和后期评价工作；负责港航设施建设使用岸线的布局规划及审批审查工作；负责交通行业统计、预测、信息引导工作；负责公路、水路交通战备、救灾等综合管理工作；办理交通行业引进外资、合资、合作经营和直属单位引进先进技术设备等有关业务、参与有关单位引进项目的立项研究、开展对外交通合作与交流。
财务审计处
制订交通行业财务、审计规章制度和交通资金使用管理制度、办法并指导、监督实施；管理交通经费、专项资金、预决算、外汇、信贷以及利用外资有关的财务工作；负责厅管交通资金的拨付及使用监督；负责厅机关和直属单位的内部审计工作。
基建处
负责交通基本建设综合工作；会同省有关主管部门组织制订交通基建行业规章、标准、规范、定额；组织省重点交通建设项目和交通大中型项目概算、预算、初步设计审查和上报审批工作；组织国家、省重点交通建设项目的实施和质量管理；会同省有关主管部门组织省重点交通建设项目的竣工验收；维护交通行业基本建设市场平等竞争秩序。
安全生产管理处
制订并组织实施全省公路、水路交通行业安全生产管理工作规划、计划，建立健全相关的规章制度；指导全省公路、水路交通行业安全生产的管理工作，监督落实安全生产责任制，组织指导安全生产宣传教育工作；按规定组织、参与重大公路、桥梁施工事故的调查处理工作；负责全省交通系统安全生产伤亡事故统计上报工作；负责厅机关及指导直属单位的安全、保卫工作。办理交通行业引进外资、合资、合作经营和直属单位引进先进技术设备等有关业务；参与有关单位引进项目的立项研究；协助办理厅驻外机构有关业务工作；开展对外交通合作与交流。
省港航管理局水运管理处
负责水路运政管理,维护水运行业平等竞争秩序;负责水路运输、水路运输服务及船舶代理等辅助性业务的行业管理;协助组织征收和管理水路运输管理费;负责组织协调和实施水路重点物资、军事、防洪抢险紧急客货运输。
监察室(与纪检组、机关党委办公室合署)
负责厅机关及指导直属单位的监察、纪检、党风、廉政建设等工作；承办上级纪检、监察机关交办的事项；负责厅机关和指导直属单位的党务、统战、共青团、工会、妇女、计划生育工作；组织直属单位政工干部职称评审工作；指导交通行业精神文明建设工作。
科技教育处
拟订交通行业科技、教育发展政策、规划和计划并指导实施，推进科研、教育体制改革；组织重大交通科技项目攻关并促进成果推广；管理交通行业技术标准、计量和规范工作；负责公路、水路交通无线电管理；指导交通行业中等教育和成人教育以及职业技术教育工作。
人事处
负责厅机关及指导直属单位人事、劳动工资、机构编制工作；按规定管理直属单位领导干部；协助有关部门组织、指导交通专业技术资格评审和交通工种技能鉴定、等级考核工作；管理国外智力、人才引进工作；为出国出境人员办理有关报批业务；协助办理厅驻外机构有关业务工作。
公路运输管理处
拟订公路客货运输站(场)建设计划；组织实施重点物资和紧急客货公路运输；负责组织征收公路运输管理费并提出使用意见；负责交通公路稽查站的管理；负责公路运政管理；负责跨省和省内跨市运输车辆的运力投放及线路的管理；负责汽车出入境运输管理；负责公路客货运输、营业性客货运输站(场)、机动车辆维修、检测、汽车租赁、公路运输服务、搬运装卸业、机动车驾驶学校和驾驶员培训的行业管理，维护公路运输行业平等竞争秩序。
离退休人员管理处
组织离退休人员阅读、学习有关文件和参加有关政治活动，负责离退休人员的医疗保健、生活福利、健康疗养等工作，组织开展有益老龄人身心健康的文娱、体育、疗养活动，协调做好对重病、病危的离退休人员和逝世离退休人员的善后及家属慰问工作。
省港航管理局港口管理处
负责港口行政管理,维护港口行业平等竞争秩序;参与港口规划、建设项目审核;负责对港口公用基础设施的监督管理; 负责港口及外轮理货、引航等港口辅助业,港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理;协助组织征收和管理港口行政管理等相关规费。
收费管理处
研究制订全省交通规费征收、收费公路的行业管理政策、办法并组织实施；负责收费站设置（含定点、迁移）、收费标准、政府还贷公路项目转为经营性管理项目及转让经营权的审核报批；协助做好收费公路项目收费立项、收费年限的审核和具体负责收费公路项目收费权质押贷款登记工作；研究制订收费公路联网收费实施方案，推进公路联网收费，协调各联网收费区域的重大事项；负责政府还贷公路“收支两条线”管理工作及收费公路收费还贷、经营管理行为的监督管理；做好清理整顿收费站的有关工作。
