办公室（挂省交通厅精神文明建设办公室牌子）
　　组织协调厅机关工作；负责文秘、政务信息、目标管理、督办、提案办理、档案、信访、机要、保密、值班、接待工作；负责起草厅的重要报告、综合性文件；负责有关重要会议的组织工作；负责机关行政后勤管理工作；指导全省交通行业的精神文明建设、思想政治工作、行业作风建设；负责宣传报道工作。

政策法规处
　　归口管理全省交通行业法制工作；负责交通立法、行政执法、执法监督的综合协调和行政复议工作；管理交通执法证件和装备；组织交通行业政策研究工作；指导交通行业体制改革和交通特许经营企业的行业管理。

综合规划处
　　研究拟定公路和水路行业发展战略、投融资政策；组织拟定公路和水路行业发展规划、中长期计划和年度投资安排并监督实施；审核专用公路规划；负责公路、水路重点建设项目的前期工作和后期评价工作；办理地方交通建设项目的审批事项；负责公路和水路行业统计、预测和信息引导工作；负责公路、桥梁、隧道收取通行费、站卡设置的协调和管理以及经营权转让的行业管理工作；负责交通扶贫和交通以工代赈的管理工作。

财务处
　　组织制定全省交通行业的财务会计规章制度，指导和监督全省交通行业会计核算、财务管理工作；负责厅及直属单位财务收支预、决算管理工作；负责交通专项资金的筹集、监督、管理；负责交通规费的征收及使用管理；负责外汇、信贷及利用外资有关的财务管理工作；负责厅属单位国有资产管理和保值增值的监督；监督管理全省水陆干线基础设施国有资产的使用；负责厅属单位和指导交通系统的审计工作。

人事劳动处
　　负责厅机关和厅属单位人事管理、劳动工资、机构编制管理、社会保险工作；按规定管理厅直属单位领导班子；归口指导管理行业专业技术于部、人才交流、智力引进、干部培训、工人技术等级的培训考核、劳动及卫生工作。

建设管理处
　　组织制定全省交通行业政策、规章和技术标准；监督管理全省交通建设项目实施；维护全省公路、水路交通建设平等竞争秩序；负责交通建设从业单位和人员的资信登记和资质管理；监督管理交通建设招投标工作；负责国家、省重点交通建设工程项目设计文件的审查并监督项目实施；监督、指导交通建设工程项目的质量管理、造价管理、合同管理；组织全省公路、水路及其设施的维护和管理。

运输管理处（挂安全生产办公室牌子）
　　负责制定全省道路、水路运输行业发展政策、发展规划及中长期计划，合理安排道路、水路运力和站场、港口、码头布局；归口全省公路、水路客货运输、车船维修、搬运装卸、运输服务、驾驶员培训的行业管理；负责组织、协调重点运输、紧急客货运输和道路、水路联合运输；负责运输价格管理；指导交通行业质量，能源、设备管理工作；负责全省水上交通安全监督、道路运输企业源头安全管理和路桥施工安全的行业管理工作；及时通报和处理重大交通安全情况，综合分析和统计水上交通和道路运输企业安全事故。

科技教育处
　　组织制定交通行业科技、教育发展政策和规划；制定年度重点科研项目计划；组织实施交通重大科技项目、科研合作项目、科技信息交流工作；组织重大科技成果鉴定和评审、推广工作；归口管理交通行业标准、计量工作；指导行业科技、教育体制改革；组织拟定行业人力资源开发规划；指导全省交通行业在职培训和职业技术教育工作；归口管理厅属学校。

外事外经处
　　归口管理全省交通外事外经工作，负责涉外、侨务及对台工作；指导和管理全省交通系统招商引资、利用国际金融组织及外国政府贷款；开展国际、省际经济技术合作与交流工作。

公安处
　　管理和指导全省汽车客运站和港口、航运公安工作，负责厅机关的安全保卫，指导厅直属单位社会治安综合治理工作。

机关党委
　　负责厅机关和直属单位的党群工作。机关党委办事机构的设置方式，由厅党组按照省委规定确定。

离退休人员管理处
　　负责机关离退休人员管理、服务工作，指导厅直属单位离退休人员管理工作。

省纪委驻厅纪检组、监察厅驻厅监察室
　　负责厅机关及厅属单位的纪检、监察工作，指导和协助有关部门做好交通系统的行风和党风廉政建设工作。

四川省交通战备办公室
　　起草全省交通战备法规草案，制定有关政策和措施；规划全省国防交通网路布局；对省内交通建设提出有关国防要求的建议；参加有关交通工程设施的勘测、设计；鉴（审）定和竣工验收；监督检查和协助组织国防要求的贯彻落实；拟定全省国防交通保障计划，组织国防交通保障队伍；平时担负抢险救灾等突发事件的交通保障任务。负责全省的国防运力动员和运力征用；制定和实施全省国防交通物资储备计划，调用国防交通物资；组织全省国防交通科学技术研究及其成果的推广、应用；负责全省保护通信线路安会工作的组织、协调、检查督促工作，参与有关保护通信线路安全的综合治理工作；指导、检查、监督全省铁路、交通、邮电、民航等部门及各市、地、州的国防交通工作，协调处理有关问题。