内设机构:计划科、基建科、财务科、监察室（项目办）、综合科、办公室、纪检组、海事局、公路工程质量监督站。

　　红河州交通局主要职责:
　　（一）贯彻国务院、省政府及有关部门对公路、水路、汽车客运站点、道路运输、交通执法等方面的方针、政策及法规。
　　（二）拟定公路、水路交通行业的发展战略、方针政策和法规并监督执行。
　　（三）拟定公路、水路交通行业的发展规划、中长期计划并监督实施；负责交通行业统计和信息引导。  
　　（四）组织实施国家公路、水路交通工程建设。
　　（五）指导交通行业体制改革；维护公路、水路交通行业的平等竞争秩序；引导交通运输行业优化结构、协调发展。
　　（六）组织公路及其设施的建设、维护、规费征稽；
　　（七）组织水运基础设施的建设、维护、规费征稽；负责水上交通安全监督、船舶及水上设施检验和防止船舶污染、水上保障、救助打捞、通信导航工作。
　　（八）制定交通行业科技政策、技术标准和规范；组织重大科技开发，推动行业技术进步；指导交通行业高等教育和成人教育以及职业技术教育。
　　（九）负责局机关、局属企事业单位的人事、劳动工资、机构编制管理工作；按规定管理局属事业单位主要领导干部；指导交通行业职工队伍建设。
　　（十）承办州政府交办的交通工作其它事项。

　　局属企事业单位:红河州重点公路建设指挥部;红河州运政管理处;红河州公路地方管理处;红河州重点公路路政管理处;红河州公路开发经营有限公司;红河州路达经贸总公司;红河州交通运输集团公司（行业主管）;云南省路桥二公司（行业主管） 。